公开了一种地层相对地质年代自动排序方法及系统。该方法及系统可以包括:对三维地震样点按照设定顺序依次检测;按照设定顺序检测到的第一个极值点的相对地质年代标号为0,并将与所述第一个极值点在同一层位上的极值点的相对地质年代标号为0;按照设定顺序继续检测下一个极值点p,并将极值点在p所在同一地震道上方检测到的极值点表示为p1、下方检测到的极值点表示为p2,根据极值点p1、p2的相对地质年代标号对极值点p进行标号;遍历所有三维地震数据样点得到全部三维地震数据样点的相对地质年代标号。本发明通过遍历每行逐个层位样点进行排序,直到所有的层位样点数据都被赋予相对地质年代顺序。
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