本发明公开了一种利用反向SIP‑宏基因组学分离原位功能微生物的方法。主要包括以下步骤:采用DNA‑SIP技术对PAHs污染土壤中的降解功能微生物进行原位探查,根据DNA‑SIP和高通量测序的结果识别出功能微生物,然后通过对重层DNA进行宏基因组测序和分析,获取识别出的功能菌的基因组,分析该菌株在C源、维生素和矿物质元素的利用及抗性特征,设置特异性培养基对污染环境中的微生物进行分离,最后将SIP‑宏基因组探查结果与室内培养分离实验结果相对照,确证所分离的菌株是否为原位参与污染物降解的功能微生物。利用本发明技术能有效的分离和鉴定具有原位降解多环芳烃功能的微生物,具有广阔的应用前景。
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