本发明提供一种全转录组范围同时获取RNA丰度及活性RNA聚合酶位点的方法及试剂盒。该方法基于活性RNA聚合酶可在体外将未修饰的三磷酸核苷、N6‑烯丙基三磷酸腺苷(a6ATP)、N4‑烯丙基三磷酸胞苷(a4CTP)转录进新生RNA中,经化学处理诱导使修饰碱基在逆转录成DNA过程中发生碱基突变,然后通过核酸测序手段识别突变位点,进而得到N6‑烯丙基腺嘌呤(a6A)和N4‑烯丙基胞嘧啶(a4C)位点,该位点即为活性RNA聚合酶原本所在的位点。未突变的部分即为原有的RNA,即可得到新生RNA的丰度。本发明首次实现了在隔离的染色质中进行a6A、a4C的特异性标记,能够借助突变测序的手段进行定位,并利用一次测序获取活性聚合酶位点与RNA丰度两种信息。
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