本发明的一方式的糖链结构解析装置中,将用于设定解析条件的多个标签中的一个专门用于关于唾液酸连接方式特异性化学修饰的条件设定,从而可以供用户选择主要的化学修饰试剂。在选择这些试剂的情况下,自动地设定每种连接方式的质量变化。另外,在使用预定的化学修饰以外的化学修饰时,用户可以以数值形式输入每种连接方式的质量变化量。在解析时,一次性地对与一种化学修饰对应且m/z值根据连接方式而不同的多个候选糖链结构的理论m/z和实测的离子峰的m/z进行对照。由此,在通过使用唾液酸连接方式特异性化学修饰试剂的化学修饰进行包括唾液酸的连接方式在内的糖链结构解析时,能够减少与解析相伴随的用户的操作的工夫、提高解析的效率。
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