本发明提供了一种靶点蛋白质与小分子结合预测方法及系统,通过获取待结合蛋白质口袋和待查询小分子的物理化学特征数据;将所述待结合蛋白质口袋和待查询小分子的物理化学特征数据分别转化为口袋向量和小分子向量;将所述口袋向量和小分子向量作为输入预先设置的基于深度神经网络的预测模型,得到结合概率的预测结果。本发明所提供的方法及系统,提取了相互作用直接相关的活性口袋部分表示蛋白,有利于去除非相关信息,减少噪音,进而提高准确性。另外,设计了适合学习向量的神经全连接层网络模型更容易保留更全的信息,通过向量保留了蛋白小分子作用的关键信息,但是又不依赖于蛋白小分子复合物构象,为高速准确预测奠定了基础。
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