公开了用于通过半导体测序,优选离子激流测序快速且成本节约地分析微生物序列的增强方法。这种方法提供了多个基因组的全长分析和多个区域(例如基因)分析。这些方法鉴定负责对抗生素或其它化学化合物赋予抗性或敏感性的特定基因的遗传突变。将特定生物体的多种不同种、株系和/或血清型连同生物体的完整基因组快速且有效筛选并鉴定突变。通过选择产生具有跨越整个基因组的序列的扩增子的相似大小和GC含量的引物对,通过离子激流方法分析的单一PCR反应可以测定完整基因组的序列。方法可用于测序病毒因子(诸如流感病毒)和细菌因子(诸如结核病细菌)的基因组。
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