本发明公开了用于确定复杂混合物中化学成分的组成的系统、方法以及计算机可读介质。根据一个方面,一种用于确定复杂混合物中化学成分的组成的方法包括利用分离工具和质谱仪产生样品的分离数据和质谱分析数据,其中分离数据包括峰信息,且其中质谱分析数据包括一级和二级质谱分析数据。包括所产生的分离数据和质谱分析数据的分析结果被收集和存储。通过比较分析结果和指示化学实体的特性的信息库来确定样品的化学成分,其中该比较是基于分离信息和质谱分析信息的。该信息库包括由分离工具和质谱仪产生的数据,并且还包括已识别和未识别的化学实体的分离数据和质谱分析数据。以人类可访问的形式使得样品的化学成分的指示可用。
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