本发明提供一种不依赖保留时间的化学物质注释方法。该方法包括:获取基于离子源内高能裂解现象采集的目标化学物质的源内碎片离子质谱数据建立目标化学物质离子数据库,并采集样品化学物质的二级离子质谱数据。分别在所述样品化学物质的二级离子质谱数据中提取具体目标化学物质的母离子的色谱数据。对提取的色谱数据进行峰检测以确定若干潜在物质色谱峰及对应的出峰时段。基于该样品化学物质的碎片离子质谱数据中该具体潜在物质色谱峰对应的母离子和目标碎片离子在对应出峰时段内的丰度相关度,确定所述具体目标化学物质存在的可信度。所述目标碎片离子为目标化学物质离子数据库中所述具体潜在物质色谱峰对应的母离子关联的所有碎片离子。
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