本发明公开了一种基于句法模式识别的药物小分子毒性预测的方法,包括:获取数据集;对所述数据集进行预处理,包括将所述数据集中的所有化合物分子用SMILES表示,对所有分子的SMILES表达式做标准化处理,统一分子SMILES表达式中的原子、键、连接关系的编码方式和顺序,然后进行去重复化处理;对预处理的数据集进行编码,其中通过独热编码对SMILES序列的单个元素、单个数字、单个符号以及整个方括号看作一个基元片段。每个基元片段本身是具有化学意义和指向性的,任何基元片段的组合也是符合化学规则,所述所有分子的SMILES表达式转换为向量组合;构建句法模式识别模型;将向量组合输入所述句法模式识别模型,预估分子是否含有特定靶标的毒性;以及对所述句法模式识别模型进行评估。
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