一种预测小分子CYP代谢酶的代谢位点的方法及系统,包括:收集与代谢位点相关的分子结构数据,基于不同代谢酶亚型将收集的数据整理成为不同亚型的数据集;将二维分子结构转化为三维分子结构;将分子三维结构中的原子类型的矢量化;将分子三维结构中距离的矢量化;将原子类型的矢量作为图卷积神经网络中顶点信息矢量化矩阵,将距离的矢量作为图卷积神经网络中边信息矢量化矩阵,根据图卷积神经网络模型更新顶点信息,计算原子为代谢位点的概率;在不同CYP代谢酶亚型上根据为代谢位点的概率预测代谢位点;上述方法及系统,对分子与不同亚型的CYP代谢发生化学反应的代谢位点预测,该预测结果可以帮助药物化学家设计或者优化分子结构。
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