本发明提供了一种无人机自主风机巡检系统的作业流程，包括读取风机和无人机载荷数据，根据参数进行起飞和寻找朝向航线规划，执行朝向查找任务，获取朝向和相位值，进行巡检航线规划，根据监控模块，实时监控无人机航线以及无人机电压信息，判断航点是否执行完毕，若未执行完任务前无人机电量不足，必须返航，执行无人机返航规划流程，实现无人机安全着陆，执行完任务，无人机自动返航，安全着陆，未执行完任务，无人机返航后，整顿完成后，执行原来任务，读取上次任务的航线以及执行到的航点索引，进行断点续航航线规划流程，执行后续任务。本发明可适配多型无人机，提高风电机组的巡检效率，降低对巡检人员的要求，实现风电机组巡检的智能化、无人化巡检。