本发明涉及一种甲砜基嘧啶类稳定同位素标记试剂的设计、合成方法及其在蛋白质比较分析中的应用。本发明所述的同位素标记试剂化学名为[d6]-4,6-二甲氧基-2-甲砜基嘧啶。该试剂应用于半胱氨酸、含半胱氨酸的多肽以及蛋白质的定性和相对定量分析,此方法包括下列步骤:a)目标分析物经变性、还原、酶解;b)目标分析物与前述轻质或重质的同位素标记试剂反应;c)将标记后的样品溶液直接进行MALDI-TOF MS分析。
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