本发明提供了一种进行离散子结构分析的计算机系统的操作方法及相应的计算机系统。首先,接入分子结构数据库。数据库可以分子结构信息与生物和/或化学性质检索。在所述数据库中,识别具有给定生物和/或化学性质的分子集。然后确定所述子集内的每一个分子片段,计算每个片段的分值,该分值表示各片段对所述给定生物和/或化学性质的贡献。最后,通过分析已确定的片段和计算的分值来进行迭代过程,其中,首先选择至少一段其分值表示对所述生物和/或化学性质的贡献较大的片段,然后,重复评估、识别、确定和计算步骤。片段可以是分子的任何一个结构亚单位(subunit)。生物和/或化学性质包括生物化学、药理、毒理、杀虫、除草、催化性质。本发明最好用于DNA向后排序或药物发现。优选实施例包括在每次迭代中使片段尺寸增大的迭代过程、基因型(generiy)子结构的使用、以及使片段粘合在一起的退火过程。
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