本申请涉及电子技术领域，尤其涉及一种高速高效涡轮风机控制器及程序刷新方法。该高速高效涡轮风机控制器包括：直流电源模块、远程监控模块和至少三个GaN器件拓扑模块；直流电源模块用于给远程监控模块和GaN器件拓扑模块供电；远程监控模块用于基于远程监控模块中的电机驱动应用程序，通过GaN驱动电路，对GaN器件的开关序列状态进行控制，并基于程序刷新指令对电机驱动应用程序进行刷新；GaN器件拓扑模块用于根据GaN器件的开关序列状态对高速高效涡轮风机进行控制。本申请可以降低控制器的噪声，提高控制器的效率、响应速度、功率密度和寿命，并且售后分析的便利性高。